第一期第一批9所为（C9）：
1、北京大学
2、清华大学
3、中国科学技术大学
4、南京大学
5、复旦大学
6、上海交通大学
7、西安交通大学
8、浙江大学
9、哈尔滨工业大学
2000年后，985一期工程第二批高校陆续入选签约，他们分别是：
1、北京理工大学
2、南开大学
3、天津大学
4、东南大学
5、武汉大学
6、华中科技大学
7、吉林大学
8、厦门大学
9、山东大学
10、中国海洋大学
11、湖南大学
12、中南大学
13、大连理工大学
14、北京航空航天大学
15、重庆大学
16、四川大学
17、电子科技大学
18、中山大学
19、华南理工大学
20、兰州大学
21、西北工业大学
22、东北大学
23、同济大学
24、北京师范大学
25、中国人民大学
26、中国农业大学
至此，以上35所高校组成了985工程一期建设的正式名单。
二期985大学名单
随后，在2004年，根据《2003-2007年教育振兴行动计划》，教育部、财政部正式启动二期建设。985工程二期建设共4所高校入选，他们分别是：
1、国防科学技术大学
2、中央民族大学
3、华东师范大学
4、西北农林科技大学
在2011年，教育部在十一届全国人大常委会上表示，985工程不再引入新的高校。至此，以上39所学校共同组成了我国高校中的“985工程”。在一段时期内，985工程高校代表了我国高等教育、科学研究领域的最高水平。并且该工程在民间也有极大的影响力，直到今天，该名单仍是高考报名，考研报名的“金指标”，因入学生源质量有保障，985工程名单也是国内外诸多知名企业和机关单位招聘遴选优质毕业生的重要指标。