1、985/211侧重对大学的评定，“双一流”侧重对学科的评定。
无论是“985工程”的39所大学（含国防科技大学）还是“211工程”的100多所大学，都是基于对学校综合实力的整体评价。尽管之前也有国家重点一级学科和二级学科的评定，但社会对一所大学的整体认知，还是只看“牌子”不看学科，影响并不大。而“一流大学建设高校”和“一流学科建设高校”，则是先有“一流学科建设高校”名单（137所），再在此基础上选出“一流大学建设高校”（42所）。也就是说，先看一所大学有没有若干个很强的学科（专业），再主要根据学科综合实力来评定一所大学的强弱。
2、985是211的“升级版”（211包含985），“双一流”则不存在交叉。
如果说211是重点班，985就是重点班里的重点班。“985工程”大学均为教育部或其他中央部委直管，也称部属高校；除985外的“211工程”大学则多为省部共建高校，地方属性更强一些。但985大学都是211大学。“双一流”则是两个平行的评价体系。“一流大学建设高校”重在一流学科基础上的学校整体建设、重点建设，全面提升人才培养水平和创新能力，共计42所，在原来39所985大学基础上新增3所。“一流学科建设高校”重在优势学科建设，促进特色发展，共计95所。除了之前的大部分“非985”211大学，主要增加了26所特色明显的高校。
3、985/211是固化的标签，“双一流”则是有进有出。
双一流计划最根本性的不同是以学科为资助主体，且并不设终身制，每5年调整一次名单。而“985”“211”是以学校为资助主体，名单形同“终身制”，据2009年至2013年的数据显示，“211”和“985”高校拿走了全国七成的政府科研经费。
其他：“985”“211”高校仍最有机会，普通高校也有望翻盘。
《统筹推进世界一流大学和一流学科建设实施办法（暂行）》（以下简称《实施办法》）对“双一流”大学及学科的遴选条件作了明确规定。从这一规定可以看出，能进入“一流大学”名单的高校，“985”、“211”依然是最有机会的，一方面它们“经过了长期重点建设”，另一方面，这些学校因为有国家的支持，在学科建设上自然比其他高校走得更前，目前“拥有一定数量国内领先、国际前列的高水平学科”的高校还是集中在“211”、特别是“985”高校。不过正如前文所提到的“双一流”与“985”、“211”的区别，“双一流”以学科为资助主体，这也意味着在双一流的游戏规则下，一些高校完全有可能凭借一两个优势学科迅速崛起，而一些原来的“985”、“211”高校也可能被排除在“双一流”之外。