1、创办者不同
从名字就能看出来，民办的本科（民办三本）学校是民办的本科高校由民办企业事业组织、社会团体及其他社会组织和公民个人创办。公办专科由国家政府部门创办，说白了就是公家创办的。这样说下来，自然是公办专科名字好听一些，不管专业是啥，至少前面的招牌好听。
2、学费不同
民办的本科高校的学费非常贵，学生的学费一年有一万多，两万多的，基本是公办的本科高校的三到四倍。而公办专科的一年学费一般是几千元。差距是不是很明显，有些学生面对民办的本科的高学费，就要好好掂量一下了。
3、学校资金和经费不同
民办的本科高校的资金经费来自私人经费，属于非国家财政性教育经费。公办专科高校的资金和经费基本全部源于政府的财政拨款。那么，民办的本科的经费调拨会相对比较自由，但是，资金的多少要看创办者的能力了。公办专科的经费相对就比较稳定，但是拨到学校如何分配比例，这就是看谁是“亲儿子”了。
4、年限不同
一个是四年，一个是三年。虽然民办的本科不是公家建的，但一样注重理论知识的培养，专业倾向不强的学生可能学不到实际的东西。而公办专科更注重技能的培养，虽然只有三年时间，但到了高二就会安排实习，这样就会大大减少在校学习的时间，这一点是有利有弊。