2、涵盖的大学不一样：全国重点大学除了“211”工程院校之外，还包括了双一流、省部共建的大学，它所涵盖的大学数量上要多一些。
3、建设的时间不一样：全国重点大学前后于1954年建设六所、1959年建设十六所、六十年代扩充68所（包括1960年64所、1963年增加3所、1963年增加1所）1978年建设88所。211工程则于1995年11月经国务院批准后正式启动。
1978年，国务院确定88所全国重点大学（恢复文革前60所全国重点高等学校，并增加28所高校为重点大学）。从1978年到1981年陆续追加11所全国重点高等学校，至1981年共99所重点大学。在上世纪90年代全国高校体制改革后，”全国重点大学“这一名称不再被政府官方所使用。