1、南通大学：位于南通。2004年5月经教育部批准，由南通医学院、南通工学院、南通师范学院三所本科大学合并组建而成。
2、南通理工学院：位于南通。根据2018年2月学校官网显示，学校拥有南通和海安两个校区，占地面积1200亩，建筑面积33余万平米。学校在校学生超万人，设有机械工程学院、汽车工程学院、建筑工程学院、商学院、电气与能源工程学院、计算机与信息工程学院等9个二级学院，设置本科专业共29个。
3、江苏工程职业技术学院：位于南通。学校的办学历史可以追溯到1912年由著名爱国实业家、教育家张謇先生创办的中国第一所纺织专门学校；1999年，独立升格为“南通纺织职业技术学院”；2014年，正式更名为江苏工程职业技术学院，2018年被确定为江苏省高水平高职院校建设单位。
4、南通航运职业技术学院：位于南通。学院创办于1960年，原名江苏省南通河运学校，更名为江苏省南通航运学校，2000年升格为高等职业技术学院。
5、南通科技职业学院：位于南通。南通科技职业学院始建于1945年，经历过国立高级农业职业学校、南通农业专科学校、江苏省南通农业学校等时期；2003年7月，经江苏省人民政府批准，学校升格为南通农业职业技术学院；2014年10月，更名为南通科技职业学院。