“全国重点大学”的由来，要追溯到上世纪50-60年代。
1959年，当时国家下发的有关文件中将中国人民大学、北京大学、清华大学、中国科技大学等20所高校确定为全国重点大学。
1960年增加了44所大学为重点大学。
1978年，国务院确定北京大学、清华大学等88所大学为全国重点大学。
上世纪末，经过高校管理体制的调整，我国高校形成了中央和省级政府两级管理，以省级政府统筹管理为主的新体制。
除少数关系国家发展全局的高校以及行业特殊性强的.高校继续由国务院委托教育部和其他少数部门管理外，多数高校由地方管理或以地方管理为主。而“全国重点大学”的提法政府官方也不再使用。建国以来国家历次所确定的重点大学多为教育部直属高校。