2000年，复旦大学与上海医科大学合并。目前，学校拥有哲学、经济学、法学、教育学、文学、历史学、理学、工学、医学、管理学、艺术学等11个学科门类；2017年，学校入选“双一流”建设高校名单，确立了27个“双一流”建设学科，是一所世界知名、国内顶尖的综合性研究型大学。
学校实力：
在QS世界大学排名中列全球第40位，复旦大学位列国内高校第3位。在学术影响力方面，复旦进入ESI世界前1%的学科领域数19个，位列中国大陆高校第2名（并列），其中，化学、材料科学、临床医学、药理学与毒理学进入全球1‰。
在QS世界学科排名中，复旦有29个学科位列世界前100，总量在国内排名第三；五大学科门类均位居全球前100位，在中国大陆地区仅二所高校跻身此列。
U.S.News世界学科排名中，有4个学科跻身世界前50，THE泰晤士高等教育世界学科排名中，1个学科大类跻身世界前50。在全国第四轮一级学科评估中，5个学科获评A+，参评的学科中60%以上获评A类学科。此外有14个学科入选上海市高峰学科建设。