伊塞克湖地处北纬42°~43°之间,深居亚欧大陆中部，吉尔吉斯斯坦国境内面积6300多平方公里，在世界高山湖泊中水深居第一、集水量居第二。
湖水清澈澄碧，终年不冻，是中亚地区旅游疗养的胜地。伊塞克湖盆地由第四纪的湖泊淤积构成。昆格山脉最高处达4,771米(约15,653英尺)，泰尔斯凯山脉最高处为5,216米(约17,113英尺)，其陡坡和奇峰山脊则为盆地的边界。
气候温暖、干燥、适中。沿岸地区7月平均气温约17℃(62℉)，盆地西缘的1月气温平均约﹣2℃(28℉)。年降水量自西向东激增，夏季从100毫米(4英寸)到最高410～510毫米(16～20英寸)。盆地东部常年积雪。常有强劲大风吹向湖泊，在西部风速平均每小时约145公里(90英里)。