学校始建于1951年，前身是西南区川南医士学校，1959年升格为泸州医学专科学校，1978年升格为本科院校并更名为泸州医学院，1982年获得学士学位授予权，1993年成为硕士学位授予单位，2001年开始联合培养博士，2004年起开展留学本科生学历教育，2010年获准设立博士后科研工作站，2015年更名为西南医科大学。学校是推荐优秀应届本科毕业生免试攻读硕士研究生资格单位，是四川省依法治校示范学校、四川省文明校园、四川省高等学校教育信息化示范学校。2014年被列入四川省新增博士学位授予单位立项建设规划，2016年被列入立项建设单位。