上海海事大学办学历史溯源于1909年的晚清邮传部上海高等实业学堂船政科，1911年邮传部高等商船学堂正式成立，历经易名、停办、调整和恢复，继为交通部吴淞商船学校、交通部吴淞商船专科学校、国立重庆商船专科学校、国立吴淞商船专科学校、国立上海航务学院。1958年，交通部重新组建上海海运学院。2000年，上海海运学院由交通部划归上海市人民政府管理。2004年经教育部批准更名为上海海事大学。2008年，上海市人民政府和交通运输部签署共建上海海事大学的意见。
学校有临港校区（主校区）、港湾校区、民生路高恒大厦等3个校区，总建筑面积60万平方米；设有14个二级办学部门，开设49个本科专业，设有3个博士后科研流动站，4个一级学科博士点，16个一级学科硕士学位授权点，13个硕士专业学位授权类别；有专任教师1300余名，本科生16000余人，各类在校研究生7200余人，留学生近600名。