学校创建于1934年，时名江苏省立医政学院。1957年，由镇江迁至南京，更名为南京医学院。1962年，被列为全国首批六年制医药院校。1981年，被批准为全国首批博士、硕士学位授予单位。1993年，更名为南京医科大学。
学校建有江宁校区、五台校区以及康达学院连云港校区；设有19个学院（包含康达学院），开设25个本科专业；拥有25所附属医院和50多所教学医院；拥有一级学科博士点8个、二级学科博士点54个、4个交叉学科博士点；一级学科硕士点11个；博士后科研流动站6个；有在职教职工1800多人，学生总数为1.8万多人。