根本原因，张居正推行的改革触犯了统治阶层的根本利益。张居正推行的税收政策为一条鞭法，收取税收时，按每户的人头来收取，即是摊丁入亩。这样一来，张居正在缓解农民和土地的矛盾之时，贵族阶层他们便失去很多从中谋利的机会。当张居正的改革正在施行时，眼看自己的利益逐渐被剥夺了，他们便召集贵族阶层对张居正的新政实行阻挡，张居正的新政便夭折了。
直接原因，明朝的财政已经积贫积弱很久了。在嘉靖和隆庆年间已是如此，张居正的改革需要的是一个长期的过程。除此之外，明朝不仅在经济上有严重的亏损问题，军事和政治上等各个方面都是如此。明朝的官兵很多，每年老百姓要交更多的税来供养这些官兵，国家在粮食存储方面也大大不如从前。
加上，明朝廷拥护张居正推行改革只有冯保和李太后，加上朝廷中，保守派的声音盖过了以张居正为首的改革派，在张居正改革的过程中，遇到了很多的阻碍，导致新政在施行过程中，难度很大。